La vida privada de Bouguereau solo ocasionalmente estuvo mezclada con su vida pública. En 1856 se casó con Marie-Nelly Monchanblon (1836-1877) una mujer de quien poco se conocía. La pareja tuvo cinco hijos.

 Corría el año de 1868, para ese entonces la carrera de Bouguereau estaba en pleno éxito. El decía que sólo era feliz cuando pintaba, su productividad corroboraba sus palabras, fueron cerca de 700 sus trabajos durante su larga vida. Su religiosa imaginación fue el constante motivo de sus obras. 

Usó temas religiosos para así hacer público sus sentimientos privados de angustia y grandes perdidas. Pieta(1876) y Vierge Consolatrice(1877) recuerda la muerte de su primer hijo George, a la edad de  16 años, en Julio de 1875, seguido de al deceso de su mujer y de  su hijo de ocho meses de edad William - Maurice, solo meses después en la Primavera de 1877 Bouguereau convirtió su experiencia en motivos religiosos.
Durante el curso de su carrera, tenía la costumbre de pasar los Veranos en La Rochelle, pintando en el estudio que había construido allí. Depués de numerosos años de dolencias al corazón, muere en La Rochelle el 19 de Agosto de 1905. Fue sepultado en el Cementerio de Montparnasse, cerca del vecino barrio donde había vivido.